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基因组DNA甲基化分析方法

2014-11-1 16:28:13      点击:

早期的基因组dna甲基化分析技术,如sssi甲基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术等,已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。今年来常用的基因组甲基化的方法有以下两种。

1. 甲基化敏感扩增多态性实验

甲基化敏感扩增多态性实验技术被用于检测双向型真菌的dna甲基化,它是在扩增片段长度多态性技术的基础上建立起来、基本程序是:提取高质量的基因组dna,分别用ecorⅰ/hpaⅱ,ecorⅰ/mspⅰ两种酶组合对基因组dna进行双酶切,并连上相应的限制性内切酶的接头,然后以接头序列设计的预扩增引物,进行pcr扩增。扩增产物稀释后,再加入带有选择性碱基的引物,进行第二次pcr扩增,扩增产物变性后在6%的序列胶上进行电泳,最后采用银染或同位素放射

自显影方法处理序列胶,统计和分析dna条带。这种方法在研究动植物基因组甲基化上有广泛应用。nsap技术相对其他测定dna甲基化程度的技术有如下优点:

① 不需要知道被测dna序列信息,在不同生物上具有通用性,可用于dna序列背景知识未知的生物。

② 操作相对简便,在aflp技术体系的基础上无需改进,即可操作。

③ 可在全基因组范围检测ccgg位点的胞嘧啶甲基化变化。

msapjishu的局限性在于不能完成非ccgg位点的胞嘧啶甲基化。

2. 高效液相层析及相关方法

高效液相层析能够定量测定基因组整体甲基化水平,其过程是:先将dna样品经盐酸或氢氟酸水解成碱基,水解产物通过色谱柱,将结果与标准品比较,紫外光测定吸收峰值,计算5rrc/(5rrc+5c)的积分面积得出基因组整体的甲基化水平。

此法相对hplc,更为简便、快速、经济。测定甲基化的敏感性较高。